Dämonin Homura hat die Realität neu gestaltet, sodass Madoka und ihre Freunde wieder ein normales Leben führen können. Doch eine Reihe von Anomalien bringt ihre perfekte Welt ins Wanken. Zwei neue Magical Girls auf der Suche nach dem Gesetz des Kreises tauchen auf und die gefürchtete Hexe Walpurgisnacht kehrt zurück. Kann Homura das Leben bewahren, das sie für das Mädchen erschaffen hat?